農水省が１月16日午後３時現在で公表した農林水産関係被害状況のうち、農作物などの被害は以下の通り。現段階では被害額が判明していない。
なお坂本哲志農相は同日の閣議後定例会見で、農林水産関係被害状況を報告するとともに、「避難された方々の食料支援として、現場のニーズに応じて、加熱式災害食などを新たに配送している」と、支援内容にも言及。１月５日に総理から取りまとめるよう指示のあった「被災者の生活と生業支援へのパッケージ」は、「現在、検討を進めている」との説明に留めた。また現地視察は、「日程は固まっていないが、現地に迷惑がかからない形で、早期に現地入りしたい」との考えを示した。
〈長野〉△農地２か所、農業用施設３か所の被害
〈石川〉△農地41か所、農業用施設269か所の被害
〈新潟〉△農作業場129棟の被害 △ポンプ小屋が液状化による沈下 △カントリーエレベーター８か所で、雨どいの落下・オイルサービスタンクの損傷・シャッターの破損など △単協の米倉庫（ラック倉庫含む）など18か所で、外壁ひび割れ・ラック破損・ガラス破損など △単協の育苗施設３か所で、シャッターの歪みなど △農業法人所有のライスセンターの籾タンクの破損など △農業法人所有の米倉庫で床の隆起 △単協の米倉庫23棟で荷崩れ・一部破袋 △農業法人の米・大豆倉庫３棟で荷崩れ・一部破袋 △乾燥調製施設で米搬送パイプ損傷（復旧済み） △農地８か所、農業用施設など116か所の被害
〈富山〉△カントリーエレベーター10か所で施設基礎ズレなど △ライスターミナルでラック倉庫内部に被害 △育苗センター２か所で外壁・内壁亀裂・オーバースライダーの損傷など △燻炭施設で籾殻搬送ダクト亀裂 △農業用倉庫28施設で外壁亀裂など △農地43か所、農業用施設など195か所の被害
〈福井〉△単協の精米施設で一部破損 △単協のカントリーエレベーターで施設一部破損 △農地11か所、農業用施設42か所の被害
〈岐阜〉△農地２か所、農業用施設１か所の被害
